L’Apollo Theatre a ouvert ses portes en 1901 avec une comédie musicale américaine, The Belle of Bohemia. Un choix d’ouverture tout indiqué, puisque le bâtiment (le quatrième théâtre construit sur Shaftesbury Avenue) avait été conçu comme un lieu dédié aux spectacles musicaux.
Les comédies musicales s’y sont succédé jusqu’en 1912, date à laquelle un changement de politique a permis d’accueillir une programmation plus variée. On y a alors vu des œuvres de plumes aussi respectées que Seán O’Casey, Ivor Novello, Noël Coward et Terence Rattigan. Lors de la rénovation menée par Schaufelberg en 1932, un foyer privé et une antichambre ont été aménagés pour la loge royale, mais le théâtre est resté, dans l’ensemble, largement inchangé depuis.
En 1962, l’Apollo a connu l’un de ses plus grands succès avec Boeing Boeing, qui a ensuite été transféré au Duchess Theatre en 1965. Quelques années plus tard, Sir John Gielgud a été très acclamé dans Forty Years On d’Alan Bennett (il reviendra ensuite à l’Apollo pour l’une de ses dernières apparitions sur scène en 1988). Le Stoll Moss Group a racheté le théâtre en 1975, avant de le revendre au Really Useful Group et à Bridgepoint Capital en 2000.
En 2005, Nica Burns et Max Weitzenhoffer ont acheté l’Apollo et ont fondé Nimax Theatres. Le début du XXIe siècle a vu l’Apollo accueillir des pièces de renom telles que All My Sons (avec David Suchet), l’universellement saluée Jerusalem (qui, après deux saisons couronnées de succès à l’Apollo, a poursuivi son triomphe à Broadway), ainsi que la production primée de The Curious Incident of the Dog in the Night-Time.
Juste avant Noël 2013, pendant une représentation de The Curious Incident of the Dog in the Night-Time, une partie du plafond s’est effondrée, entraînant la fermeture du théâtre pendant plusieurs mois. L’incident a été attribué au vieillissement de l’architecture victorienne. Let the Right One In a rouvert le théâtre avec un faux plafond dissimulant les dégâts, et la galerie supérieure a été retirée de l’exploitation le temps que les réparations soient engagées.